Zavod je smješten u istočnom krilu glavne zgrade bolnice i zgradi „osmice“, a sastoji se od slijedećih odjela:
- Odjel opće psihijatrije
- Odjel za inovativno farmakološko liječenje
- Odjel psihogerijatrije
- Odsjek akutne/intenzivne skrbi
- Odsjek kronične skrbi I.
- Odsjek kronične skrbi II.
Zavod za biologijsku psihijatriju najveći je zavod u Bolnici. Smješten je na dvije lokacije – u prizemlju i katu istočnog krila glavne zgrade bolnice i u zgradi „osmice“, odnosno psihogerijatrije. Ima ukupno 180 kreveta. Nastao je spajanjem kliničkog odjela opće psihijatrije („dvojke“) i psihogerijatrije. U Zavodu se prvenstveno njeguje biološki psihijatrijski pristup (posebno na području istraživanja), ali i sve druge psihijatrijske doktrine (socioterapija, psihoedukacija, psihoterapija, radno-okupaciona terapija …). Bolesnici se na Zavodu zbrinjavaju i liječe u skladu s „klasičnim“ psihijatrijskim pristupom, uz određene inovacije koje se odnose na bolesnike „refrakterne na terapiju“ i one s izraženim nuspojavama. Regrutacija nepsihogerijatrijske klijentele na Zavodu determinirana je ustrojem i orijentacijom ostalih kliničkih zavoda u Bolnici.
Odjel opće psihijatrije (58 kreveta) nalazi se na prvom katu istočnog krila glavne zgrade bolnice (prostor nekadašnjeg IIc odjela). Na ovom odjelu liječe se bolesnici svih dijagnostičkih kategorija, izuzimajući ovisnike o alkoholu i drogama i psihogerijatrijske bolesnike, s područja Zagreba i Zagrebačke županije koja ne pokrivaju zavodi integralne psihijatrije. Dogovorno se primaju i bolesnici iz drugih dijelova Hrvatske. Odjel je otvorenog tipa te se u njemu liječe bolesnici koji su kadri kontrolirati svoje ponašanje, odnosno koji se dragovoljno odlučuju na liječenje na otvorenom psihijatrijskom odjelu. S obzirom na profil odjela, bolesnici se u pravilu primaju „po dogovoru“, bilo po predbilježbi, bilo izravno iz prijamne ambulante, no uvijek u dogovoru s pročelnikom zavoda ili šefom odjela, odnosno odjelnim psihijatrom. Uz biologijske metode liječenja (psihofarmakoterapija), na odjelu se primjenjuju socioterapijske i radno-okupacione metode te razne psihoterapijske tehnike. I na ovom odjelu primjenjuje se načelo „integralne psihijatrije“ te se bolesnike, uz primjenu „integralnih“ metoda psihijatrijskog liječenja, tijekom hospitalizacije povezuje s njihovim sredinama (nadležnim psihijatrima, centrima za socijalnu skrb).
Odjel za inovativno farmakološko liječenje (26 kreveta) nalazi se u prizemlju istočnog krila glavne zgrade bolnice (prostor nekadašnjeg IIa odjela). Na odjel se primaju i liječe bolesnici iz cijele Hrvatske koji su se dotadašnjim liječenjem u drugim ustanovama (ili odjelima) pokazali refrakterni na psihofarmake. Bolesnici se u pravilu primaju po dogovoru. Odjel je zatvorenog tipa, a bolesnici kadri kontrolirati svoje ponašanje dobivaju „slobodan izlaz u krug bolnice“.
Psihijatri zaposleni na ovim odjelima vode i ambulantne bolesnike koje su liječili tijekom njihove hospitalizacije, a svi su, posebno oni s Odjela opće psihijatrije, uz sve druge visokostručne kadrove i jednu sestru, angažirani i u jedinici dnevne bolnice Zavoda (10 stolica) koja je organizirana tako da su u nju uključeni bolesnici vezani uz pojedinog psihijatra, a koji u dnevnu bolnicu dolaze, prvo jedanput do dva puta tjedno, zatim jedanput u dva tjedna, zatim jedanput u tri tjedna i onda, do godinu dana po otpustu, jedanput mjesečno.
Na Odjel psihogerijatrije (zgrada „osmice“ – 99 kreveta) primaju se i liječe bolesnici starije životne dobi koji pate od raznih vrsta demencija, posebno one Alzheimerovog tipa. U pravilu se primaju bolesnici iz onih dijelova grada Zagreba koji se po ustaljenom rasporedu hitnog zbrinjavanja psihijatrijskih bolesnika godinama liječe u bolnici „Vrapče“, ali, po dogovoru, i bolesnici iz drugih dijelova Zagreba ili Hrvatske.
Odjel je podijeljen u tri odsjeka:
- odsjek akutne/intenzivne skrbi ukupno 15 kreveta, od kojih su 2 kreveta intenzivne skrbi)
- odsjek kronične skrbi I. (29 kreveta) smješten u zapadnom dijelu „osmice“
- odsjek kronične skrbi II. (55 kreveta) smješten u istočnom dijelu „osmice“
Na odsjeku akutne/intenzivne skrbi u pravilu se liječe bolesnici koji su vezani uz krevet, odnosno oni bolesnici u kojih je somatsko zdravlje značajno narušeno. No, tu se zbrinjavaju i bolesnici kojima je potrebna nešto veća pažnja od one uobičajene za populaciju psihogerijatrijskih bolesnika.
Odsjeci I. i II. u pravilu primaju istu kategoriju bolesnika, a njihove posebne oznake uvjetovane su činjenicom da su prostorno (arhitektonski) odvojeni u istočnom, odnosno zapadnom krilu zgrade.
I psihijatri zaposleni na odjelu psihogerijatrije vode i ambulantne bolesnike koje su liječili tijekom njihove hospitalizacije, ali i pacijente koji se naručuju u njihove psihogerijatrijske ambulante.
Za sada, zbog prostornih ograničenja nije realno govoriti o dnevnoj psihogerijatrijskoj bolnici, no u projekciji daljnjeg razvoja Odjela (koji bi za koju godinu trebao prerasti u samostalan zavod za psihogerijatriju!) predviđena je i dnevna bolnica.