Zavod je smješten u istočnom krilu glavne zgrade bolnice i zgradi „medicinskog trakta“ i sastoji se od dva odjela:
- Odjel kliničke psihofiziologije s Centrom za poremećaje spavanja i budnosti
- Odjel za organski uvjetovane psihičke poremećaje
Ovaj Zavod je u svakom pogledu slijednik kliničkog odjela za psihofiziologiju, koji je bio formiran, uz priključenje određenog broja bolničkih kreveta (1992. godine), na temeljima i oko EEG laboratorija (otvorenog 1961. godine) i Centra za poremećaje spavanja (otvorenog 1981. godine). Uz usluge psihofiziološke dijagnostike koje daje hospitaliziranim (EEG nalaz je praktički rutinski nalaz za bolesnike hospitalizirane u „Vrapču“?) i ambulantnim bolesnicima (kroz pet stolica u dnevnoj bolnici), stacionarni dio zavoda (20 kreveta) zaprima, dijagnosticira i liječi bolesnike čije su psihičke tegobe uvjetovane organskim poremećajima nestaračkog tipa (razne neurološke bolesti koje prate psihički poremećaji – epilepsija, horea, parkinsonizam i druge, te posttraumatske ili postoperativne smetnje).
Odjel kliničke psihofiziologije s Centrom za poremećaje spavanja i budnosti smješten je u „medicinskom traktu“. Ima tri laboratorija za dijagnostiku poremećaja spavanja i budnosti (cjelonoćna snimanja), tri EEG laboratorija i laboratorij za evocirane potencijale. Odjel je uglavnom orijentiran na vanjske pacijente, ali je na usluzi i hospitaliziranim bolesnicima. Dio pacijenata s poremećajem spavanja, kojima je potrebna kraća hospitalizacija, zaprimaju se na zavodski Odjel za organski uvjetovane psihičke poremećaje. Bolesnici u kojih se dijagnosticira određeni poremećaj, u pravilu se prate i liječe u sklopu ovog odjela kroz intenzivnu ambulantnu službu.
Odjel za organski uvjetovane psihičke poremećaje (mlađe populacije do 65 godina – 20 kreveta) smješten je na prvom katu istočnog krila glavne zgrade bolnice. Odjel je orijentiran na bolesnike u kojih su psihičke smetnje posljedica neuroloških bolesti, odnosno oštećenja mozga. U pravilu se radi o bolesnicima mlađe životne dobi, onima koji su mlađi od 65 godina (nepsihogerijatrijska populacija). Osim tih, na odjelu se hospitaliziraju i bolesnici s određenim poremećajima spavanja (sa „slip apnejom“) koji liječenje trebaju započeti hospitalizacijom zbog edukacije i „podešavanja“ uređaja za disanje.
U dijagnostici i liječenju koriste se sve neurološke i psihijatrijske metode liječenje što podrazumijeva i eventualne usluge izvan Bolnice (CT, MR, PET CT … ) te sve raspoložive lijekove za neurološke i duševne bolesti.