Zavod je smješten u zgradi „devetke“ i sastoji se od tri odjela:
- Bolnički odjel
- Odjel za provođenje mjere psihijatrijskog liječenja na slobodi
- Centar za provođenje psihijatrijskih vještačenja
Zavod za forenzičku psihijatriju sljednik je kliničkog odjela za forenzičku psihijatriju (osnovanog 1993. godine), odnosno forenzičkog odjela osnovanog 1957. (kod osnutka nazvanog odjel za sudske motrenike) kao posebnog bolničkog odjela „za liječenje i čuvanje sudskih bolesnika“ (do tada su sudski bolesnici bili raspršeni po raznim bolničkim odjelima!) i Centra za forenzičku psihijatriju (osnovanog 1963. godine) čija je zadaća od osnutka bila (osnivač i odjela i centra bio je dr. Rudolf Turčin), uz vještačenja sudskih motrenika, prikazivati sudskopsihijatrijske kazuse te organizirati edukaciju, seminare, tečajeve, postdiplomsku nastavu, izdavati forenzičke knjige …
U Zavodu se provodi liječenje „forenzičkih pacijenata“. To su u prvom redu oni pacijenti kojima je sud odredio prisilno liječenje na forenzičkom odjelu (čl. 44 ZZODS), ali i oni kojima je određeno „liječenje na slobodi“ („uvjetno“ otpušteni forenzički pacijenti, obiteljski nasilnici (Zakon o nasilju u obitelji) i drugi kojima je po zakonu o prekršajima, izrečena mjera psihijatrijskog liječenja.
Bolnički odjel (70 kreveta) smješten je u zgradi forenzike („devetke“). U stacionaru na I. katu „devetke“ smješteni su forenzički pacijenti koji su nedavno primljeni u bolnicu – njih se najmanje mjesec dana intenzivno prati, promatra, liječi i procjenjuje s obzirom na društvenu opasnost te se pravi plan njihovog liječenja. U ovoj skupini je nekih 6-8 pacijenata. Ostali pacijenti su u ustaljenom programu liječenja koje podrazumijeva primjenu psihofarmaka te socioterapijske, radno-terapijske i psihoterapijske aktivnosti.
U Odjelu za provođenje mjere psihijatrijskog liječenja na slobodi provodi se liječenje forenzičkih pacijenata koji su uvjetno otpušteni s forenzičkih odjela te onih pacijenata kojima je sud izrekao mjeru obveznog psihijatrijskog liječenja (na slobodi). Bolesnici kojima je to nastavak liječenja na slobodi nakon otpusta iz forenzičko-psihijatrijskog stacionara (bolničkog odjela) u načelu se kontroliraju i liječe kod psihijatra koji ih je vodio i za vrijeme hospitalizacije. Za bolesnike koji se kao „ambulantni bolesnici“ izravno upućuju sa suda organiziran je poseban program. S obzirom da je među takvima najviše ovisnika o alkoholu (i drogama), a mjera im je izrečena zbog nasilja u obitelji, za njih je organizirano „intermitentno liječenje“ (oni kojima je potrebno stacionarno liječenje zbog uspostave apstinencije ili prevladavanja apstinencijske krize prvo se hospitaliziraju na Zavodu za alkoholizam i druge ovisnosti, a onda, po potrebi, prolaze i kroz dnevnu bolnicu tog Zavoda) gdje se radi po načelima dnevne bolnice ovisnika o alkoholu, ali s dodatkom onih psihoterapijskih metoda i tehnika kojima je cilj razrješavanje razloga koji su u osnovi nasilja. U terapijski tim uključeni su psiholozi, socijalni pedagozi, socijalni radnici i radni terapeuti iz cijele bolnice. „Intermitentno liječenje“ ovih bolesnika provodi se u popodnevnim satima (radi se o pacijentima koji su najčešće zaposleni te se tako izbjegava apsentizam), a odvija se u prostorima polikliničke službe Zavoda za socijalnu psihijatriju.
Centar za provođenje psihijatrijskih vještačenja funkcionalna je jedinica (odjel) Zavoda kojemu je zadaća organiziranje i provođenje (institucionalnih) psihijatrijskih vještačenja, prikazi motrenika i organizacija rasprava o raznim vještvima kojima je cilj ne samo izjednačavanje vještačkih kriterija članova centra (to su svi visokoobrazovani stručnjaci Zavoda za forenzičku psihijatriju te vještaci i drugi stručnjaci iz Bolnice, ali i izvan nje), nego i edukacija studenata, specijalizanta iz psihijatrije, kandidata za sudske vještake, i drugih, organizacija seminara i tečajeva iz forenzičke psihijatrije, praćenje zakonske regulative i reagiranje na sve one zakonske akte čija primjena ima utjecaj na stanje u forenzičko-psihijatrijskoj teoriji i praksi i t d. S obzirom da Centar okuplja najbolje poznavatelje pravnih i etičkih normi s kojima se sureće suvremena psihijatrija i moderni psihijatar, zadaća je Centra upozoriti na sve etičke probleme koji se javljaju, ili bi se mogli javiti, u svakodnevnom psihijatrijskom radu, posebno u području forenzičke psihijatrije. Tako Centar nastavlja 50-godišnju funkciju i tradiciju s tim da se sada u njegovom nazivu dodaje pojam „odjel za provođenje vještačenja“ koji je zadnjih dvadesetak godina stajao kao samostalna organizacijska jedinica kliničkog odjela za forenzičku psihijatriju. (Tako je centar vremenom bio dobio neku apstraktnu dimenziju pa ga čak ni njegovi voditelji i članova nisu mogli točno definirati. Primjeri za to su npr. nejasna dinstinkcija između šefa kliničkog odjela za forenzičku psihijatriju i šefa centra (tim više što se uvijek radilo o istoj osobi!), tajnice Centra koja je u svjesti zaposlenika bila i tajnica kliničkog odjela, a posebno je to vidljivo na primjeru svih aktivnosti oko izgradnje buduće zgrade za forenzičku psihijatriju, u koju će biti smješteni i stacionarni, i odjel za provođenje psihijatrijskih mjera liječenja na slobodi (s dnevnom bolnicom), i sam centar za forenzičku psihijatriju, no, u svim dokumetima stoji da se radi o izgradnji Centra za forenzičku psihijatriju. Time će se centru vratiti značenje koje nije nikada ni izgubio, no koje je bilo ili zaboravljeno, ili dispergirano do razine nejasnih okvira).